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目前常见的微生物鉴定原理有以下几种：

1. 酸碱反应：细菌代谢碳水化合物，一般产生酸性物质；分解蛋白质或氨基酸，则产生碱性物质，根据不同细菌的理化性质不同，测定细菌的分解底物导致PH值变化而产生的不同颜色，来判断菌种。

2. 酶谱分析：根据细菌生长产生酶的特性，在测定底物中加入基质。使其与细菌生长过程中的酶结合成荧光物质，可以在较短的时间判定菌种。

3. 高压液相色谱分析：用气相色谱检测细菌在液体培养基中的代谢产物(挥发和非挥发脂肪酸)，结果与数据库数据比较后，得出鉴定结果。

4. 代谢指纹法：其原理是根据细菌对碳源(或氮源)利用的差异来区别和鉴定细菌，不同的细菌会利用不同碳源(或氮源)进入新陈代谢过程(称为呼吸)，而对其他一些碳源(或氮源)则无法利用，将每种细菌能利用和不能利用的一系列碳源(或氮源)进行排列组合，就构成了该种细菌特定的代谢指纹，由于细菌在利用碳源进行呼吸时，会发生一系列的氧化-还原反应，产生电子，TTC(四唑紫，2，3，5-TriphenylTetrazoliumChloride)在呼收电子后，会由无色的氧化型转变为紫色的还原型，通过肉眼观察或计算机控制的读数仪，将反应结果同数据库中的指纹进行比对，从而得到细菌的鉴定结果。